メディアアートのパイオニアとして、1980年代にCG作品《Mandala1983》、《MIROKU_Maitreya》をSigGraph等で発表して話題となる。その後コンピュータによる彫刻作品《Geometric Love》、《Forbidden Fruits》を経て、90年代にはインタラクティブ作品《Beyond Pages》を発表、同作品は98年にドイツ、カールスルーへのZKMに収蔵される。96年に《Global Interior Project #2》が、オーストリア、リンツのアルス・エレクトロニカ・フェスティバルで日本人初のゴールデン・ニカを受賞。1992年の《生け捕られた速度》から2012年の《Voices of Aliveness》へと続く「Field-Works」シリーズは、動画にGPSによる位置情報を付加することで仮想空間と現実空間をつなぎ、記録と記憶の新しい可能性を実験し続ける作品群であり、評価が高い。2016年には、70年代から現在までの主だった作品をARを使って見ることのできるアーカイブ本《anarchive #6 Masaki Fujihata》をフランスで出版。現在は、記憶とアイデンティティをテーマにし、フォトグラメトリーとARで記録を再現するプロジェクト《BeHere》を香港で推進中。
2015年に東京藝術大学を早期退職。2017年はリンツ芸術大学、2018年は香港バプティスト大学の客員教授。