北海道札幌市出身。
超難関米国カリフォルニア州立大学UCLA芸術学部映画学科で映画製作・演出を学び、クームルーデ(優秀賞)を受賞し卒業。
帰国後「里見八犬伝」「天国にいちばん近い島」等をプロデュースし、「ぼくらの七日間戦争」で監督・脚本デビュー。ブルーリボン作品賞等、多数受賞し、「日本映画100本」の一本に選ばれる。
宮沢りえ、吹石一恵、真木よう子、平愛梨、菜月は全て菅原監督作品がデビュー作で、新人発掘に定評がある。
「ほたるの星」は山口県での実話を基に映画化し、東京国際映画祭コンペティションに公式参加した後、世界各国で公開される。
2004年皇室主催の園遊会に映画監督として初めて招待される。
「早咲きの花」は愛知県での実話を基に映画化し、東京国際映画祭、豪州シドニー映画祭で公式上映。
北海道東川町が舞台の「写真甲子園0.5秒の夏」は第30回東京国際映画祭でワールドプレミア上映され、アラブ・アフリカで最も有名なカルタゴ映画祭から正式招待された。
北海道を代表するアイヌ文化と知里幸恵さんをモデルとした映画「カムイのうた」を完成させ、海外の映画祭から多数の賞を受け、高く評価されている。2023年12月23日から北海道先行上映が始まる。全国での上映は2024年1月26日から順次公開。その他の監督作品は「That’sカンニング!」「ときめきメモリアル」「マグニチュード」「ドリームメーカー」「DRUG」「北の残照」「ヌプリコロカムイノミ」等多数。
環境省こどもホタレンジャーの審査委員・愛知県豊橋まつりの総合プロデューサー・ちぎり文学賞の審査委員長を長年務める。周南公立大学客員教授。